在每根光纤的顶部蚀刻出一个小洞，可镶嵌直径为3um的微磁珠。每个微磁珠上可以根据不同的需求连接不同的配体，如寡核苷酸、蛋白质、抗体等。制作芯片时，将带有所需配体的不同微磁珠混合后与光纤束进行自组装，通过微珠上寡核苷酸标签序列(address) 确认每根光线上所吸附的不同的微珠。现有微珠芯片上每束光纤可镶嵌1536种微珠，因此，每种微珠在一束光纤中有30次重复。结合在微珠上的寡核苷酸或者蛋白可与荧光标记的配对核酸或配体发生相互作用，发生的信号被激发后通过光纤传递到检测器。

2.生物学意义分析

主要指通过分析芯片杂交数据，研究差异表达基因的生物学意义。通常，功能涂层芯片技术，在芯片中某一或发育时期可能有成千上万个差异表达基因。例如，功能涂层芯片的厂家，基因芯片分析植物根部可能有400多个特意表达的基因，如果要将这些基因的来龙去脉都搞清楚，海南功能涂层芯片，可能要追溯超过4000篇以上的文献(假设1个基因需要查阅10篇文献)。这种不捡重点的方法耗时耗力，所获得的结果也往往没有意义。

尽管如此，通常原位合成方法仍然比较复杂，除了在基因芯片研究方面享有盛誉的 Affymetrix 等公司使用该技术合成探针外，其它中小型公司大多使用合成点样法。后一方法在多聚物的设计方面与前者相似，合成工作用传统的 DNA 或多肽固相合成仪以完成，只是合成后用特殊的自动化微量点样装置将其以比较高的密度涂布于纤维膜、尼龙膜或玻片上。支持物应事先进行特定处理，例如包被以带正电荷的多聚赖酸或氨基硅烷。现在已有比较成型的点样装置出售，如美国 Biodot 公司的点膜产品以及 Cartesian Technologies 公司的 PixSys NQ/PA 系列产品。前者产生的点阵密度可以达到 400/cm2 ，后者则可达到 2500/cm2  。

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