因此，一般的建议步骤是活化羧基使用pH=5-6的MES缓冲液，环氧基处理方法，之后使用PBS缓冲液调节pH=7.2-7.5完成后的偶联反应。

与EDC/NHS类似的是，也可以使用将两个含有氨基的分子连接到一起。比如，先在纳米粒子外包一层二氧化硅，通过APTES等试剂引入氨基，山东环氧基处理，之后通过将氨基修饰的纳米晶和蛋白质的氨基偶联到一起。

该方法的主要优点是可以用很少的步骤合成极其大量的探针阵列。例如，合成 48 （ 65536 ） 个探针的 8 聚体寡核苷酸序列仅需 4 × 8=32 步操作， 8 小时就可以完成。而如果用传统方法合成然后点样，那么工作量的巨大将是不可思议的。同时，渗透型环氧基处理，用该方法合成的探针阵列密度可高达到 106/cm2 。不过，为什么环氧基处理，尽管该方法看来比较简单，实际上并非如此。

为了保证基因芯片数据的可靠性，芯片中还需加.上多个持家基因(housekeeping genes)作为内对照。持家基因，如呼吸作用的酶类和细胞骨架蛋白基因等，是维持细胞正常生长发育的必须基因，其表达水平在细胞内基本不变。处理数据时，认为持家基因的反应信号在两种组织中不变，依此确定其他基因表达信号的相对值。

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