按照芯片上的探针对微阵列芯片进行分类，有核酸芯片、蛋白质芯片和组织芯片等，微阵列芯片市场，目前应用泛的是核酸芯片，核酸芯片又有两种类型，分别是cDNA微阵列和寡核苷酸微阵列。
cDNA基因文库由PCR产物组成，微阵列芯片，为双链结构，长度一般在数百至数千碱基对，因而芯片的杂交条件对每个基因不能保证是的，假阳性率较高，因此，判定cDNA微阵列的终结果时，有必要对筛选出的基因进行测序。在应用cDNA微阵列进行研究时，一般需要提供一个对照样本，将其与需要研究的标本给予不同的标记，将二者灯亮混合后共同注入芯片进行孵育。扫描后得到的原始数据是各个单元格中信号强度的比率。
使用广泛的氨基和羧基偶联剂就要数EDC和NHS（Sulfo-NHS）了。大多数情况下，同时使用EDC/NHS的交联于只使用EDC的，NHS的使用能够极大增强偶联效率。但也有个例，比如2012年的一篇工作（Diagnostics (basel). 2012 Aug 27;2(3):23-33.），他们在APETS修饰的金芯片和96孔板表面组装一抗，发现单独使用EDC比同时使用EDC/NHS和EDC/Sulfo-NHS都。
共价偶联比物理吸附更先进一些，主要表现在它克服了物理吸附的两个缺点：共价偶联在固体表面的抗体（1）排列取向一定程度上是确定的；（2）不容易脱离到溶液中。赖氨酸、谷氨酸和天冬氨酸等氨基酸经常被作为蛋白质修饰的靶点，其中赖氨酸尤甚（Chem. Sci.， 2017，8， 63-77，微阵列芯片制作，Chem. Sci.， 2018，微阵列芯片种类， 9， 79–87），其它氨基酸由于位于蛋白质内部或反应性弱或不可控等原因而很少用于偶联。
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