为了保证基因芯片数据的可靠性，芯片中还需加.上多个持家基因(housekeeping genes)作为内对照。持家基因，如呼吸作用的酶类和细胞骨架蛋白基因等，微阵列基片的价格，是维持细胞正常生长发育的必须基因，微阵列基片厂家，其表达水平在细胞内基本不变。处理数据时，微阵列基片的处理，认为持家基因的反应信号在两种组织中不变，依此确定其他基因表达信号的相对值。

目前，江苏微阵列基片， 在医学研究中 ， 数据分析方法在总体上分为两大类:无监控集簇分析和有监控集簇分析。前者比较单纯的从数学角度按照基因表达的相似性将基因分组 ， 这有助于发现新的目的基因或提供新的疾病信息 ， 如新的分型 、 影响预后的因素等。后者需要结合现有的知识进行分析， 适用于疾病归类。这对于传统诊断手段是一个有益的补充。

另外， 在目前进行的许多微阵列芯片研究中，每次研究的基因数目很大 ， 而参与实验的样本量较少。这一现象不利于得到稳定的和具有良好可重复性的实验结果。

基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上，所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析，从而解决了传统核酸印迹杂交（Southern Blotting 和 Northern Blotting 等）技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足。而且，通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值，如基因表达谱测定、实变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等。

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