主要原因是，合成反应每步产率比较低，不到 95% 。而通常固相合成反应每步的产率在 99% 以上。因此，探针的长度受到了限制。而且由于每步去保护不很，致使杂交信号比较模糊，信噪比降低。为此有人将光引导合成技术与半异体工业所用的光敏抗蚀技术相结合，以酸作为去保护剂，使每步产率增加到 98% 。原因是光敏抗蚀剂的解离对照度的依赖是非线性的，基因芯片应用，当照度达到特定的阈值以上保护剂就会解离。所以，该方法同时也解决了由于蔽光膜透光孔间距离缩小而基因芯片引起的光衍射问题，有效地提高了聚合点阵的密度。另据报导 ，利用波长更短的物质波如电子射线去除保护可使点阵密度达到 1010/cm2 。

防脱片又叫防脱载玻片、离子修饰玻片和细胞捕获玻片等，是用化学或物理方法进行载玻片或盖玻片的表面修饰，基因芯片制备，常用于细胞培养、病理学组织和细胞制片、液基细胞学薄层制片，广西基因芯片，以防止操作过程中细胞或组织掉片现象的发生。防脱片可分为:普通防脱载玻片、离子修饰玻片、正电荷玻片、负电荷玻片、醛化玻片、硅化玻片、氨基化玻片和细胞捕获玻片等。

以合成寡核苷酸探针为例，基因芯片研究，该技术主要步骤为：首先使支持物羟基化，并用光敏保护基团将其保护起来。每次选取择适当的蔽光膜（ mask ）使需要聚合的部位透光，其它部们不透光。这样，光通过蔽光膜照射到支持物上，受光部位的羟基解保护。因为合成所用的单体分子一端按传统固相合成方法活化，另一端受光敏保护基的保护，所以发生偶联的部位反应后仍旧带有光敏保护基团。因此，每次通过控制蔽光膜的图案（透光与不透光）决定哪些区域应被活化，以及所用单体的种类和反应次序就可以实现在待定位点合成大量预定序列寡聚体的目的。

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