尽管如此，通常原位合成方法仍然比较复杂，除了在基因芯片研究方面享有盛誉的 Affymetrix 等公司使用该技术合成探针外，表面醛基修饰，其它中小型公司大多使用合成点样法。后一方法在多聚物的设计方面与前者相似，表面醛基修饰处理，合成工作用传统的 DNA 或多肽固相合成仪以完成，只是合成后用特殊的自动化微量点样装置将其以比较高的密度涂布于纤维膜、尼龙膜或玻片上。支持物应事先进行特定处理，例如包被以带正电荷的多聚赖酸或氨基硅烷。现在已有比较成型的点样装置出售，如美国 Biodot 公司的点膜产品以及 Cartesian Technologies 公司的 PixSys NQ/PA 系列产品。前者产生的点阵密度可以达到 400/cm2 ，后者则可达到 2500/cm2  。

目前， 在医学研究中 ， 数据分析方法在总体上分为两大类:无监控集簇分析和有监控集簇分析。前者比较单纯的从数学角度按照基因表达的相似性将基因分组 ， 这有助于发现新的目的基因或提供新的疾病信息 ，表面醛基修饰厂家， 如新的分型 、 影响预后的因素等。后者需要结合现有的知识进行分析， 适用于疾病归类。这对于传统诊断手段是一个有益的补充。

另外， 在目前进行的许多微阵列芯片研究中，表面醛基修饰公司，每次研究的基因数目很大 ， 而参与实验的样本量较少。这一现象不利于得到稳定的和具有良好可重复性的实验结果。

因此，生物学家和生物信息学家合作创立了将差异表达基因定位于不同的生物化学代谢途径的分析方法( pathway identification)。 统计每条生物化学代谢途径中固有的基因数量和被基因芯片定位的差异表达的基因数量，可以计算出特定或特定发育阶段表达有显著差异的代谢途径。由于代谢途径通常负责执行生物体的重要功能，并且相对于原始数据，代谢途径的数量相对较少，可操作性强，已经成为目前学术界分析芯片技术数据的重要手段。

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